Các ninja Nhật Bản từng hưng thịnh đã bị SCAP buộc phải giải tán tổ chức của họ sau chiến tranh và biến mất. Tuy nhiên, có khoảng 200.000 ninja vẫn tồn tại bí mật. Một số ninja ưu tú vẫn đang hành động ở hậu trường trong các cuộc xung đột quốc gia. Mặt khác, các ninja còn lại không thể tìm được việc làm. Kuro Kumogakure là một trong những ninja thất nghiệp. Tuy nhiên, Kuro cuối cùng cũng nhận được một “nhiệm vụ ninja” quan trọng.